Karakalpakische Musikinstrumente zeichnen sich durch ihre Ursprünglichkeit aus. Das bei weitem beliebteste Instrument war die Dotar, ein zweisaitiges hölzernes Zupfinstrument mit einem birnenförmigen Körper und recht kurzem Hals. Die Dotar hat 12 oder 13 aufgebundene Griffleisten und ist mit einem dünnen, hölzernen Resonanzboden abgedeckt. Traditionell ist sie mit Knochenschnitzereien und Perlmutteinlegungen verziert. Die Dotar hat einen sehr melodischen Klang. Sie ist besonders als Instrument für die Hausmusik verbreitet. Im Allgemeinen ist sie kennzeichnendes Merkmal der Bakschi (Sänger lyrischer Gedichte). Die Dotar wird von einer Ghichak begleitet, einem dreisaitigen Streichinstrument mit einem kürbisförmigen Korpus und einem ledernen Resonanzboden.
Das Symbol der karakalpakischen Musikkultur ist die Kobys, ein zweisaitiges Streichinstrument aus Holz mit einem offenen Resonanzkörper. Der kellenförmige Körper ist zur Hälfte mit einem ledernen Resonanzboden bespannt. Die Saiten bestehen aus gebündeltem Pferdehaar. Die Kobys erzeugt matte, „kosmische“ Laute und begleitet traditionell die gutturalen Gesänge epischer Geschichtenerzähler – Jirau. Sie besteht aus zwei Teilen, dem Körper und dem Steg. Sie ist ein gedrungenes Instrument und passt leicht in eine Satteltasche, die in früheren Zeiten mit der nomadischen Lebensweise eines Geschichtenerzählers verbunden wurde.
Die karakalpakischen Blasinstrumente besitzen ebenfalls einen historischen Widerhall. Sie geben einen harmonischen, aber exotischen Laut von sich. Beispiele für Blasinstrumente umfassen antike Erfindungen von Schäfern: eine hölzerne Flöte – Balaman, eine Rietflöte – Kamis Naj, eine Rietpfeife – Kuraj, und eine kurze Rietpfeife – Duduk. Die gebogene Maultrommel (Schin-Gobijs) ist ein Zupfidiophon, bestehend aus einem Metallbügel und einer Stahlzunge. Nach einem alten Glauben vermochten es Schamanen, wenn sie die Maultrommel spielten, durch Veränderungen des Tons und der Vibration durch drei Welten zu wandeln.