Die ausgedehnte Niederlassung von Misdakhan liegt inmitten der Hügel entlang der westlichen Ausläufer der Stadt Khodjeyli (Xo´jayli) und erstreckt sich zu beiden Seiten der Straße nach Köneürgenç.
Die frühzeitliche Stadt von Misdakhan wurde auf dem Westhügel im 4. bis 3. Jahrhundert v. Chr. gegründet. Heute sind die Überreste der Siedlung als Khodjeyli Gjaur-kala bekannt, was so viel wie „Festung der Ungläubigen“ bedeutet. Die Stadt erhielt ihren Namen nach der arabischen Invasion im 8. Jahrhundert, da ihre Bewohner zu einem Großteil Zoroastrier (Feueranbeter) waren. Der Begriff Gjaur bezeichnete ursprünglich ein Gebiet der Feueranbeter (Gjauren). Wissenschaftler haben herausgefunden, dass sich hier in frühgeschichtlicher Zeit ein bedeutendes Handels- und Handwerkszentrum, nicht weit vom nördlichen Zweig der Großen Seidenstraße befand.
Während der Herrschaft der Kuschana (1.-4. Jahrhundert), erstreckte sich die Stadt auch über den westlichen Hügel und umfasste somit ältere kulturelle Ebenen. Vom 9. bis 11. Jahrhundert erlebte Misdakhan eine Wiederbelebung, als der Bau einer befestigten Zitadelle beschlossen wurde. Während dieser Jahrhunderte veränderten sich die Bestattungsbräuche, was auf die Aneignung einer neuen Religion zurückgeführt werden kann – des Islam. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts wurde die Stadt aufgrund des mongolischen Einfalls in die Oase Chiwa und die Niederlage durch die Truppen Dschötschis (eines Sohns von Dschingis Khan) im Jahr 1221 zeitweise verlassen. Anfang des 15. Jahrhunderts wurde die alte Zitadelle aufgegeben und eine neue neben ihr errichtet. Die Juma-Moschee und die Tekke Sulayman Haddadi Musawija wurden ebenfalls gebaut.
Auf dem östlichen Hügel von Misdahkan befinden sich einige schöne und prachtvolle Sehenswürdigkeiten, so etwa das Mausuleum Maslumkhan-sulu, das Mausoleum Kalif-Yerejep, das Shamun-nabi-Mausoleum und die Anhöhe Djumart-kassab.
Die Ruinen des Kalif-Yerejep-Mausoleums liegen etwa 120 bis 130 Meter südlich des Maslumkhan-sulu-Mausoleums und stammen aus dem 10. bis 11. Jahrhundert n. Chr. Früher hatten sie eine quadratische Form mit einer Größe von 11 x 11 Metern. Lediglich drei Wände des Mausoleums sowie kleine Überreste von gemauerten Kuppeln und einer Verdeckung der Vorderseite aus gebrannten und glasierten Ziegeln sind heute noch zu sehen. Wissenschaftler gehen anhand des Grundrisses und des Namens der Anlage davon aus, dass dies eine Stätte des Sufismus war.
Ein weiteres bekanntes Monument in Misdahkan ist das Shamun-nabi-Mausoleum in der Nähe des Djumart-kassab-Grabhügels. Es hat eine rechteckige Form, dessen vordere Front nach Osten ausgerichtet und durch ein Portal verstärkt ist. Ein erhöhter, rechteckiger Raum, der von sieben aneinandergereihten Säulen durchzogen ist, befindet sich im Innern des Mausoleums. Tleukhana liegt an seiner westlichen Seite. Beide Gebäude wurden im 13. bis 14. Jahrhundert errichtet.
Nach einer weitverbreiteten Legende war Shamun-Gasijn (Nabi) ein herausragender Heiler und ein kräftiger Mann. Zudem konnte er Wunder vollbringen. Er kam in diese Region, um einen neuen Glauben zu verkünden, und begann, die Kranken zu heilen, doch er nahm kein Geld für seine Dienste. Shamun-nabi lebte an dem Ort, an welchem sich nun sein Grab befindet.
Eine andere Legende erzählt, dass in frühgeschichtlicher Zeit ein reicher Mann namens Djumart in der Stadt Misdahkan lebte. Als das Land einmal ein sehr schlechtes Erntejahr erlebte, schenkte Djumart den angrenzenden Siedlungen frisches Fleisch. Von diesem Zeitpunkt an wurde Djumart als Schutzherr der Hirten angesehen. Wenn die Hirten einige Tiere ihrer Herde verloren, brachten sie die Herde zum Hügel und führten sie siebenmal um den Grabhügel herum.
Die Ursprünge des Namens Djumart gehen auf den antiken mythischen Held zoroastrischer Kosmologie, Gaumard, zurück. Dieser hatte den Kopf eines Bullen und den Körper eines Mannes. Er lebte in Airyanem Vaejah (Choresmien) am Ufer des heiligen Flusses Daitja (Amudarja).
Die Stadt Misdahkan wurde bis ins 14. Jahrhundert n. Chr. bewohnt.