Qoraqalpog’iston hududini 4 ta botanik-geografik hududga bo’lish mumkin: Ustyurt, Qizilqum, Amudaryoning quyi oqimi, va Orol dengizining qurigan qismi. Hozirgi kunda, ushbu hududda mingdan ortiq o’simlik turlari o’sadi. Ushbu o’simliklarning katta qismi foydali xususiyatlarga ega bo’lib, qadimdan hozirgi kungacha tibbiyotda keng foydalanib kelinmoqda.
Ustyurt platosida chorvaga yil bo’yi o’tlashi imkonini beradigan yem-xashak (ozuqa) o’simliklar keng tarqalgan. Ular orasida: biyurgunlar, shuvoqlar, saksovullar, kereushlar, efemerlar, va efemeroidlar ko’plab uchraydi.
Qizilqum cho’li qumlarida turli o’simlik turlari uchraydi: oq saksovul, juzgun, shuvoq, cherkez, biyurgun, ilak, efemeral, va efemeroidlar (efedra, shuvoq, selin va boshqalar). Bu o’simliklarning ko’pchiligi shoxli qoramollarga yem hisoblangan va tibbiyotda ham keng qo’llanilgan (ferula, efedra va qaqra).
Qoraqalpog’istonning boshqa hududi- Amudaryoning quyi oqimi, Orol dengiziga biroz qiyalikdagi odatiy tekislikni o’zida aks ettiradi. U, Amudaryoning zamonaviy va qadimiy deltasida o’sayotgan to’qayzorlarning katta majmuasidan iborat. Ushbu hudud, Markaziy Osiyoda to’qaylarning asosiy tarqalish hududi hisoblanadi.Amudaryoning quyi hududidda o’sayotgan boshqa o’simlik turlari: qamish, yem-xashak, shifobaxsh, bo’yoq beradigan, hidli o’simliklardan iborat.
Orol dengizining qurilgan tubida o’simliklar yetishtirish, garchi so’nggi yillarda ushbu hududlarini o’zlashtirishga oid harakatlar olib borish boshlangan bo’lsa ham, hanuz yetarli emas. Bu asosan galofitlarni o’z ichiga oladi: yulg’un, juzgun, solyanok, selin va boshqalar. Eng muhim daraxtsimon o’simliklardan biri bu qora va oq saksovul turlari hisoblanadi.