Das Gebiet von Karakalpakstan lässt sich in vier botanische und geografische Regionen unterteilen: das Ustjurt-Plateau, die Kysylkum-Wüste, die Unterläufe des Amudarja und die Trockengebiete des Aralsees. Zurzeit wachsen in diesen Regionen etwa 1.000 höhere Pflanzenarten. Eine große Anzahl davon besitzt heilende Eigenschaften und wird seit dem Altertum für medizinische Zwecke verwendet.
Das Ustjurt-Plateau ist reich an Futterpflanzen, die eine ganzjährige Viehzucht ermöglichen. Hier können Sie eine vielfältige Pflanzenwelt entdecken, darunter Bijurgun (lat. Anabasis salsa), Wermut, Saxaul, Kejreuk (lat. Salsola orientalis), Kurzblüher (Ephemere) und kurzblühende Knollengewächse (Ephemeroide).
Die sandigen Weiten der Kysylkum-Wüste sind mit mehreren Vegetationsarten bedeckt: Weißer Saxaul, Dschusgun (lat. Calligonum), Wermut, Tscherkes (lat. Salsola richteri) und Bijurgun. Es gibt auch verschiedene Getreidearten, Ilaks, Ephemere und Ephemeroide, darunter Ephedra, Salbei und Selin. Die Selinpflanze wird auch als Dreigranniges Gras bezeichnet. Ein großer Teil dieser Pflanzen wird als Viehfutter und Arzneimittel verwendet (Ferula, Meerträubel und Wermut).
Eine weitere botanische und geografische Region von Karakalpakstan, die Unterläufe des Amudarja-Flusses, ist als eine typische Ebene ohne Erhebungen bekannt, die sich leicht zum Aralsee hinunterneigt. Die Unterläufe des Amudarja sind mit einem dichten Auenwald bewachsen, der sich über die ehemaligen und heutigen Deltas des Flusses erstreckt. Daher gelten die Unterläufe als Hauptverbreitungsgebiet für Auengewächse in Zentralasien. Andere Vegetation in den Mündungsgebieten des Amudarja umfasst Riet sowie Futter-, Heil-, Färbe- und aromatische Pflanzen.
Der Pflanzenwuchs im ausgetrockneten Becken des Aralsees, der erst seit kurzem von der Bevölkerung urbar gemacht wird, ist spärlich. Er besteht aus verschiedenen Arten von Salzpflanzen (Halophyten): Tamarisken, Dschusgun, Queller, Selin und andere. Eine der wichtigsten strauchartigen Pflanzen ist Schwarzer und Weißer Saxaul.