Qoraqalpog'istonning suv resurslari katta va kichik daryo va ko'llar, shu jumladan mashhur Amudaryo va Orol dengizlari bilan ifodalanadi.
Amudaryo, Markaziy Osiyodagi eng katta daryo hisoblanib, u Hindikush va Pomir tog’ tizmalaridan shakllanadi. Amudaryo manbai, dengiz sathidan 4900 metr balandlikdagi Hindikush tog’ining shimoliy qiyaligidagi Vrevski muzliklaridan boshlanuvchi Voxjir daryosi hisoblanadi. Amudaryo nomi Panj va Vaxsh daryolarining qo’shilishidan so’ng kelib chiqadi. Panj daryosi manbaidan Orol dengizigacha bo’lgan masofa 2574 km, Vaxsh daryosi bilan qo’shilish masofasi esa 1415km ni tashkil etadi.
Amudaryo havzasi 3 qismga bo’linadi: yuqori oqim (Kelif gidroposti tepasi- Turkmaniston va O’zbekiston chegarasi); o’rta oqim (Kelif gidroposti va Tuyamo’yin suv ombori o’rtasida); va quyi oqim (Tuyamo’yin quyi qismi). Qoraqalpog’iston hududidan Amudaryoning quyi qismi o’tgan. Uning uzunligi avvallari 460 kmni tashkil etgan. 1977 yilda daryo o’zani to’g’onlar bilan yopilganligi sababli, hozirgi kunda Amudaryoning suvlari Orol dengiziga to’gridan to’gri quyilmaydi.
Qoraqalpog’istonning yirik ko’llari qatoriga: Orol dengizi, Xojaqul-Qorajar ko’llar tizimiga tutashgan Sudoche ko’llar tizimi, shuningdek, bir necha sun’iy suv omborlari kiradi.
Amudaryo deltasining markaziy qismi va uning qirg’og’ida Qoraqalpog’istonning asosiy ko’llari va sun’iy suv omborlari: Mejdurechensk suv ombori, Makpalkol ko’li, Maypost-Domalak tizimi, hamda, Mo’ynoq, Ribachiy, Jiltirbas qo’ltiqlari joylashgan. Qoraqalpog’istonning barcha suv omborlari baliqchilik uchun ishlatiladi. Ushbu barcha ko’llar Amudaryo suvlari yoki sug’oriladigan yerlardan qaytgan drenaj suvlar bilan to’ldiriladi.