Les ressources en eau du Karakalpakistan proviennent essentiellement de lacs et de rivières aux dimensions modestes ou plus imposantes, notamment du célèbre Amou-Daria et de la mer d’Aral.
L’Amou-Daria est le plus aquifère des fleuves d’Asie centrale. Il est né dans les zones montagneuses de l’Hindou Kouch et du Pamir. La source de l’Amou-Daria – le fleuve Vakhdjir – naît elle-même dans le glacier Vrevski sur le versant nord de l’Hindou Kouch à une altitude d’environ 4 900 mètres au-dessus du niveau de la mer. L’Amou-Daria tient son nom du confluent des fleuves Piandj et Vakhch. La longueur totale du fleuve, de la source du Piandj à la mer d’Aral, est de 2 574 kilomètres, dont 1 415 kilomètres à partir du point de confluence avec le Vakhch.
Le bassin de l’Amou-Daria est divisé en trois parties principales : cours supérieur (au-dessus de la station de jaugeage de Kelif, frontière entre le Turkménistan et l’Ouzbékistan), cours moyen (entre la station de jaugeage de Kelif et Tuyamuyun) et cours inférieur (en dessous de Tuyamuyun). Le territoire du Karakalpakistan est traversé par le cours inférieur de l’Amou-Daria. À l’origine, sa longueur était de 460 kilomètres. À présent, l’Amou-Daria n’a pas d’accès direct à la mer d’Aral puisque son lit est circonscrit par des barrages depuis 1977.
Au nombre des plus grands lacs du Karakalpakistan figurent la mer d’Aral et le groupe de lacs Sudoche auxquels s’ajoutent le groupe de lacs Khodjakul-Karadjar ainsi qu’un certain nombre de réservoirs créés artificiellement.
Les principaux lacs et bassins artificiels tels que le réservoir de Mejdouretchensk, le lac Makpalkol, le réseau lacustre de Maypost-Domalak ainsi que les baies de Moynaq, Rybatchi et Jiltirbas sont situés sur le cours moyen de l’Amou-Daria et sur sa rive droite. Tous les réservoirs d’eau du Karakalpakistan sont utilisés pour la pêche. Tous les lacs sont alimentés par les eaux de l’Amou-Daria ou par le drainage régulier réalisé à partir des champs irrigués.