La réserve nationale de biosphère située en aval de l’AmouDaria, autrefois connue sous le nom de réserve nationale de Baday-Tugay, est située sur la rive droite du fleuve, au pied de la chaîne de montagnes Soultan Ways, sur le versant oriental des montagnes Karataou. Elle s’étend sur une surface de 68 717,8 hectares.
Le territoire de cette réserve nationale est divisé en trois zones principales. Une zone (prioritaire) strictement protégée, destinée à la conservation des bois de rive naturels (tugai) et d’espèces végétales et animales rares et en danger par la préservation de leur biodiversité unique. Tout type d’activité économique est interdit dans la zone prioritaire, à l’exception de la recherche et de la surveillance des processus naturels. Une zone tampon entoure la zone strictement protégée, servant d’intermédiaire avec un espace d’utilisation intensive des ressources. Une zone de transition est contigüe à la zone tampon et à la zone occidentale. Elle vise à mettre en place une utilisation durable des ressources naturelles. La zone dispose d’un espace de vie pour une population rurale, hors des vastes colonies et des sites de production néfastes et dangereux. Trois cents cinquante-six espèces vertébrées, dont 36 mammifères, sont dénombrées dans cette réserve.
La réserve nationale de biosphère située en aval de l’AmouDaria a accompli un travail considérable en matière de préservation de l’espèce des cerfs de Boukhara, inscrite sur la liste rouge de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) et dans le Livre rouge de l’Ouzbékistan. En 1978, la réserve comptait 16 cerfs de Boukhara enregistrés. En 2010, leur nombre dépassait les 500 pour atteindre quelque 700 exemplaires en 2014. Les scientifiques présument que la réserve est devenue le plus grand refuge de cerfs de Boukhara au monde.
Aujourd’hui, la composition floristique de la réserve nationale de biosphère située en aval de l’AmouDaria compte 419 espèces de plantes supérieures. Elle inclut 320 plantes fourragères, 68 plantes médicinales, 73 plantes alcaloïdes, 47 plantes tannifères, 20 plantes tinctoriales, 56 plantes toxiques, 11 fibres végétales, 40 plantes d’abeille et 25 plantes à huile essentielle.