La mer d’Aral est située au cœur des déserts d’Asie centrale, à 53 mètres au-dessus du niveau de la mer. Jusqu’aux années 1960, il s’agissait du quatrième plus grand lac au monde (64 500 kilomètres carrés). Il présentait une profondeur moyenne d’environ 16 mètres et une profondeur maximale de 68 mètres.
Tout au long de son histoire, la mer d’Aral a subi les variations significatives du niveau de la mer. Son lit recèle des vestiges d’arbres et elle était reliée à la mer Caspienne durant l’ère cénozoïque.
La mer d’Aral est alimentée par les eaux des deux plus grands fleuves d’Asie centrale – l’Amou-Daria et le Syr-Daria. Le gaspillage des eaux fluviales de même que le blocage de l’écoulement de l’Amou-Daria dans la mer d’Aral dans les années 1970 ont provoqué une catastrophe écologique ; la mer d’Aral s’est presque entièrement tarie. Au cours des 30 à 40 dernières années, la surface de la mer d’Aral a significativement diminué. À partir du début des années 1950 à 1960, le niveau de la mer d’Aral était de 53,5 mètres au-dessus du niveau de la mer (selon le système de référence altimétrique de la mer Baltique). Les scientifiques ont commencé à surveiller les altérations du niveau de la mer d’Aral en 1970, lorsque cette dernière a baissé de 2,4 mètres. Comme rapporté en 2009, la partie centrale de la mer d’Aral s’est complètement tarie. À l’époque, sa surface n’était que de 11 800 kilomètres carrés et le volume total d’eau ne représentait que 10 % de celui enregistré en 1960. Aujourd’hui, la mer d’Aral est divisée en trois étendues d’eau distinctes : la mer d’Aral septentrionale (ou petite mer d’Aral) et le bassin occidental et celui oriental de la Grande Aral (ou grande mer d’Aral) au sud. L’augmentation de la salinité a réduit considérablement la vie marine tandis que le manque de profondeur a provoqué une désertification et un changement climatique.
Dans les années 1970, la mer d’Aral abritait 34 espèces de poissons, dont 20 présentant un intérêt commercial. Au début des années 1980 cependant, l’industrie de la pêche s’est vu imposer des restrictions du fait de l’extinction de ces espèces. La situation actuelle des eaux marines crée néanmoins des conditions favorables à l’élevage des crustacés (artémies).