Qaraqalpaqstan uzaq ótmishte-aq qonıslanǵan territoriya sanaladı. Mısalı, eń eski qonıslar – bul paleolit, neolit hám bronza ásirlerine tiyisli waqıtsha qonıslanıwlar bolıp, olarda Sultan Wáyis tawı eteklerinde hám Ámiwdárya jaǵalawlarında ápiwayı turmıs tárizin keshirgen ańshılar hám balıqshılar mákan etken.
Bunnan tısqarı, paleolit dáwirinde Arqa Kavkaz hám oǵan shegaralas aymaqlarda jasaǵan adamlardıń kóship-qonıslanıwı haqqındaǵı gipoteza da bar. Oǵan sáykes, Kaspiy teńizinde suwdıń qáddi oǵada tómenlep, onıń arqa tárepi kewip qalıwı sebepli Arqa Kavkaz benen Mańǵıshlaq hám Ústirt ortasında jer beti baylanısı ornatılıwı nátiyjesinde adamlardıń kóship-qonıslanıwı júz bergen bolıwı múmkin, dep shamalanadı.
Neolit dáwirine tiyisli dáslepki qonıslar shama menen b.e.sh. IV ásirleri menen belgilenedi. Bul dáwirde tábiyǵıy shárayatlar, turmıs tárizi hám mádeniyatı menen ózgesheleniwshi eki aymaq ayrıqsha kózge túsedi. Birinshisi – bul Qaraqalpaqstannıń túsligindegi Ámiwdáryanıń eski deltası (Aqshadáryanıń túslik deltası), ekinshi aymaq – Ústirt keńisligi.
Aqshadárya deltası kóller, atawlar hám batpaqlıqlarǵa iye kóp muǵdardaǵı suw menen qaplanǵan keńislik bolıp, bul jer balıq, jabayı haywan hám quslarǵa bay bolǵan. Usı tábiyǵıy ortalıqta neolit dáwiri áyyemgi balıqshılar hám ańshılarınıń «Kelteminar mádeniyatı» (b.e.sh. IV–III m.j.) payda bolǵan. Oǵan hár qaysısı matriarxal urıwlıq qonıslanıw bolıp tabılatuǵın birpútin mákan jayları tán bolǵan.
Bronza dáwirinde túslik Ámiwdáryada shıǵısı hár qıylı bolǵan qáwim hám mádeniyatlardıń aralasıp ketiwi jedel tús alıp, olardıń negizinde keyin-ala «xorasmiyler» dep at keshken xalıq payda boladı.
B.e.sh. VI ásirde xorezmiylerdiń dáslepki qalaları júzege keledi, bul qalalar Ózbekstannıń házirgi Xorezm wálayatı hám Túrkmenstannıń Tashawız wálayatı aymaqlarında jaylasqan. Ol dáwirlerde Xorezm Ahameniyler mámleketi quramına kirgen. Gerodottıń maǵlıwmatlarında Xorezm Persiya imperiyasınıń 16 satraplıǵınıń bir bólegi bolǵanlıǵı, al xorezmliler bolsa Ahamoniyler armiyasınıń áskerleri quramında Persepoldiń qurılısında qatnasqanlıǵı aytıladı.
B.e.sh. V–IV áá. shegaralarında Áyyemgi Xorezm mámleketlik birlespesi payda boladı, bul dáwirge tiyisli esteliklerdiń úlken bir bólegi házirgi Qaraqalpaqstannıń shegarası ishinde jaylasqan. Usı dáwirde bekiniske iye, birden-bir qorǵan sisteması kórinisindegi kóplegen qalalar qurılǵan.
Xorezm Qushan imperiyasınıń formal bólegin quraǵanlıǵı tuwralı málim bir maǵlıwmattıń bolmawına qaramastan, Áyyemgi Xorezm tariyxında biziń eramızdıń birinshi ásirlerin «Qushan dáwiri» dep ataw orın alǵan.
B.e. IV ásirden baslap Xorezmde Afrigidler dinastiyası ústemlik etip, bul dinastiya X ásirdiń aqırına shekem ómir súrdi. Arablardıń keliwi menen Xorezm ekige bólinip ketti: Qıyatta (Ámiwdáryanıń oń jaǵalıǵı) Afrigidler ústemlik etti, Úrgenishte (Gurganj) bolsa arablardıń nayıbı – ámir húkimlik súrdi.
VI ásir aqırı – VII ásir baslarında Ámiwdáryanıń Aral boyı deltasında óz teńgelerin shıǵarıwı, ózine tán gúlal ıdısları hám jańasha jobadaǵı qurılısları menen ózgeshelenetugın Kerder mádeniyatı júzege keldi. Onıń orayı bolǵan Kerder qalası házirgi Nókis rayonındaǵı Haywan qalanıń ornında jaylasqan.
XI ásirde Áyyemgi Xorezmniń aymaǵında Xorezmshahlar mámleketi payda bolıp, ol XIII ásirdegi monǵol basqınshılıǵı aqıbetinde nabıt boladı. Úlken qıyratıwlarǵa duwshaker bolıwına qaramastan, Ámiwdáryanıń batıs jaǵalawlarındaǵı jerler Altın Orda dáwirinde qayta tiklendi. Atap aytqanda, XIV ásirde Xorezm Altın Ordanıń eń bay hám mádeniyatlı oblastına aylanadı jáne Qıtaydan Rimge shekemgi hám Baltika teńizinen Indiyaǵa shekemgi territoriyadaǵı iri xalıq aralıq sawdada aytarlıqtay rol oynaydı.
XIX ásirde házirgi Qaraqalpaqstan territoriyası Xorezm xanlıǵı quramında boldı, 1924-jılı bolsa – orayı Tórtkúl qalasında jaylasqan Qaraqalpaq avtonomiyalı oblastı dúzildi. 1992-jılı Qaraqalpaqstan Ózbekstan Respublikasınıń quramına kiretuǵın Qaraqalpaqstan Respublikası sıpatında qayta dúzildi.